Zlínský KFS se dlouhodobě věnuje výchově a růstu fotbalové mládeže v rámci Zlínského kraje. K zajištění tohoto cíle už druhým rokem funguje při Zlínském krajském fotbalovém svazu „Fotbalová akademie“, která je finančně podporována Zlínským krajem.
Z prostředků jsou financovány náklady na organizaci Mezikrajské soutěže U 14 a U 13, účast na Kouba cupu jak chlapců tak dívek. Zlínský KFS dvakrát ročně organizuje meziokresní turnaj talentované mládeže - MTTM, kterých se zúčastňují výběry OFS v kategoriích U 12 a U 13, z kterých jsou následně sestavovány výběry Zlínského KFS v kategoriích U 13 a U 14. V zimní přestávce Zlínský KFS organizuje halový turnaj „O pohár předsedy Zl KFS“, kterých se zúčastňují výběry OFS v kategoriích U 11 a U 12.
V rámci fotbalové akademie nezapomíná Zlínský KFS ani na dorosteneckou kategorii. Dvakrát ročně je organizován turnaj ml. dorostu – „Memoriál Josefa Šurala“, kterých se zúčastňují výběry OFS, jeden turnaj pro hráče z krajských soutěží a druhý pro hráče okresních soutěží. Z těchto turnajů je vybrána reprezentace Zl KFS U 17, která se zúčastňuje postupové soutěže FAČR.
U reprezentací Zl KFS ve všech kategoriích působí zkušení trenéři z ligových celků FC Zlín, 1.FC Slovácko a HS Kroměříž a také okresní grassroots trenéři.
